地方金融机构是指相对于国家独资或国家控股的大型金融机构之外的规模小、门类多、彼此独立的多种中小型金融机构。它包括农村信用社、城市信用社、城市商业银行、农村商业银行等。随着地方农村商业银行组建的完成，加大对地方金融机构的审计力度，防范区域性金融风险，已成为地方审计机关迫切抓好的重点工作之一。抓好地方金融机构审计应“盯住”以下六个重点。

一、内部控制
      地方金融机构的内部控制是防范金融风险，是保障其健康运行的前提和保障。审计中应充分了解它的组织框架、发展战略、公司章程、业务决策规则、流程及各项管理制度的建设情况、执行情况，分析审计风险，确定重要性水平。目前审计中发现各地方金融机构尽管在财务管理、业务管理、风险管理等内部控制制度方面制定了多项指导意见和管理办法，但在执行中仍然存在很多问题。
二、信贷资产
      贷款是地方金融机构的一项基本业务，也是其最重要的资产。审计的目标即审查贷款业务的合规性和合法性，包括贷款程序、贷款主体资格、贷款用途、信用情况、利率合规情况审查，担保贷款还应对担保人的担保资格、担保能力进行核查，其中重点对贷款展期、不良贷款、银行承兑汇票、贴现及银票垫款进行审查。
三、资金业务和中间业务
       随着国内金融市场日益完善，各类金融产品层出不穷，地方金融机构的资金业务逐步成为其利润增长的重要通道。其资金业务具有涉及产品类别多、更新快、环节过程复杂、交易手段灵活等特点，给审计工作增加了难度，也带来更多新的挑战。业务主要包括：同业间存放和拆借、投资、衍生金融工具交易、流动性管理、利率管理等。
四、投资业务
       地方金融机构投资业务包括股权投资和债券投资。审计目标是对其业务流程即投资决策过程、执行过程、业务核算、管理等环节的真实性、合法性和效益性的审查。重点审查投资业务批准程序，是否经过集体决策，关联交易的公允性，风险控制与投资收益的匹配性，财务核算的真实性和完整性。
五、信息科技
       现代商业银行的经营管理是与先进的计算机技术的高度融合，金融行业信息系统的安全性、完整性及有效性直接影响到国家财产安全、经营目标的真实反映，因此如何促进地方金融机构加强信息系统安全控制，防范信息技术漏洞带来的风险，保证业务数据、财务数据的真实性、完整性，日渐成为审计监督的关注重点。
六、财务管理及财务收支
       财务管理是地方金融机构经营管理的重要环节，也是审计的重要部分，审计目标即检查银行财务决算报表是否真实、完整地反映了企业的财务状况和经营成果。
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